Poštu si můžete stáhnout na počítač jedním z protokolů IMAP nebo POP3. Jejich prostřednictvím lze číst poštovní zprávy, které přicházejí do schránky v IS AMBIS, pomocí programů jako jsou Microsoft Outlook, Mozilla Thunderbird a další. Správa pošty v těchto programech může některým uživatelům vyhovovat více než správa pošty přímo ve webovém prohlížeči.
Prokotol IMAP umožňuje na rozdíl od staršího protokolu POP3 přístup ke zprávám z více počítačů. IMAP nevyžaduje stažení zpráv na lokální počítač, zprávy jsou tak přístupné ze všech počítačů, které používáte. Pomocí IMAPu je možné přistupovat k více složkám v rámci jedné schránky. Ve svém poštovním klientu na počítači tak můžete zároveň vidět Příchozí poštu, Rozepsané zprávy, Odeslané zprávy, Koš a další složky, které v IS AMBIS používáte.
IMAP umožňuje také efektivnější přístup ke zprávám, takže stažení např. jen některých příloh je rychlejší i při pomalém připojení.
Pro použití protokolů je potřeba nastavit sekundární heslo v aplikaci
Toto heslo je považováno za méně bezpečné než heslo pro vstup do IS AMBIS (primární), proto je potřeba jej zadat samostatně.